アルツハイマー病および他の神経変性疾患に関する遺伝子特異的出版物のテキストマイニングとポータル開発
カテゴリ：高齢者医療・介護
公開日：2026年2月19日
タイトル：Text mining and portal development for gene-specific publications on Alzheimer's disease and other neurodegenerative diseases
雑誌名：BMC Med Inform Decis Mak. 2024 Apr 17; 24(Suppl 3): 98. doi: 10.1186/s12911-024-02501-7. Epub 2024 Apr 17.
概 要：
本研究は、アルツハイマー病（AD）に関する遺伝子特異的な情報を抽出するための自然言語処理（NLP）パイプラインを設計・実装しました。AD研究者は、過去の研究をレビューし、増え続けるAD関連の出版物を把握することが重要ですが、困難な作業です。収集した情報をフィルタリングし、AD関連の遺伝子特異的出版物プロファイルを構築しました。最終的に、ユーザーフレンドリーなウェブポータルを開発し、遺伝子クエリ機能とデータビジュアライゼーションを提供しました。
方 法：
本研究では、PubMedデータベースから神経変性疾患に関連する遺伝子特異的情報を抽出するために、NLPパイプラインを設計・実装しました。処理された出版物データから、出版年ごとのトレンド、認知症タイプの発生、脳領域の発生、マウスモデル情報、キーワードの発生、共起遺伝子の6つのカテゴリの情報を抽出しました。
結 果：
NLPパイプラインを実装することで、PubMedデータベースの要約から遺伝子特異的な神経変性疾患関連の出版物情報を抽出しました。結果はインタラクティブなウェブクエリポータルを通じて要約・可視化され、ND出版物のトレンド、使用されたマウスモデル、認知症タイプ、関与する脳領域、主要なAD関連生物学的プロセスに関連するキーワード、共起遺伝子が表示されます。
結 論：
開発したポータルは、ユーザーの関心のある研究分野や遺伝子ターゲットに合わせたAD出版物を迅速に照会・表示するための貴重なツールであり、情報マイニングスキルを持たないユーザーにも便利です。この研究は、AD研究者がAD研究の進展を把握し、効率的に予備調査を行う手助けをし、仮説の生成と検証を支援することで、AD研究のコミュニケーション、普及、進展に大きく貢献することが期待されます。